產生污染

多晶硅是高污染的項目，中國多數多晶硅企業環保不完全達標。生產多晶硅的副產品——四氯化硅是高毒物質。用于傾倒或掩埋四氯化硅的土地將變成不毛之地，草和樹都不會在這里生長。它具有潛在的極大危險，不僅有毒，還污染環境，回收成本巨大。

產業化差距

國內多晶硅生產企業在產業化方面的差距主要表現在以下幾個方面：

供需矛盾

2005年中國太陽能用單晶硅企業開工率在20%－30%，半導體用單晶硅企業開工率在80%－90%，無法實現滿負荷生產，多晶硅技術和市場仍牢牢掌握在美、日、德國的少數幾個生產廠商中，嚴重制約中國產業發展。

生產規模小

現在公認的小經濟規模為1000噸/年，較佳經濟規模在2500噸/年，而中國現階段多晶硅生產企業離此規模仍有較大的距離。

工藝設備落后

同類產品物料和電力消耗過大，三廢問題多，與國際水平相比，國內多晶硅生產物耗能耗高出1倍以上，產品成本缺乏競爭力。千噸級工藝和設備技術的可靠性、成熟性以及各子系統的相互匹配性都有待生產運行驗證，并需要進一步完善和改進。國內多晶硅生產企業技術創新能力不強，基礎研究資金投入太少，尤其是非標設備的研發制造能力差。地方政府和企業項目投資多晶硅項目，存在低水平重復建設的隱憂。